基因流行病學是監測導致疾病的病原體（細菌）遺傳組成的過程。這可以幫助科學家了解兩個或多個病原體在遺傳層面有多相似或不同。
Virginia州衛生部的流行病學家與公共衛生實驗室的科學家合作，監測導致某些可報告疾病的病原體的基因組數據。被稱為基因組定序的實驗室程序幫助我們做到這一點。當兩人或兩人以上感染密切相關的病原體時，這可能意味著他們共同接觸過該病原體。這有助於我們更早發現疫情，並改善我們對傳染病的公共衛生應變。
公共衛生應用
- 早期病毒爆發檢測和調查。 基因數據有助於檢測疾病爆發。如果感染病原體有密切關係，這表明病例可能是同一個疫情的一部分。疫情爆發反應和調查可能會更早開始 使用此信息。
- 識別傳輸連結。 基因數據提供有關感染病原體的相似或不同的信息。這可以幫助公共衛生了解兩個或多個疾病例是否可能共享一個共同的傳播途徑，稱為傳播鏈接。
- 識別或確認曝光來源。 基因數據提供有關導致疾病的病原體的詳細信息。如果感染病原體有密切關係，這表明病例可能共同的暴露來源。這可能包括識別使人生病的常見食物或環境暴露。
- 提高對疾病位置和空間分佈的理解。 基因數據可以提供有關疾病如何在地理上傳播的重要信息。這可以幫助鏈接在不同位置發生的個案或疫情。