樣本收集由參與公用程式完成。該計劃依賴我們的公用事業合作夥伴來正確收集，處理和存儲樣品，直到樣品被取得以運輸到實驗室 DCLS 為止。
採集的樣本主要有兩種類型：採集樣本和複合樣本。
- 抓取樣品是一次收集的單一樣本。這種樣本代表樣本在收集樣本時流入處理廠的廢水。
- 複合樣本是在 24 小時期內收集的個別樣本，然後組合成單一樣本。樣品可以根據設定的時間（例如，每 10 分鐘一次）或取決於進入廢水處理廠的流量。這種樣本代表了整天進入廢水處理廠的流量。
該實用程序提供附帶樣本的其他信息（元數據），例如樣本收集時間，收集日的流程和採樣點。在進行任何重大加工之前，所有樣本都在處理廠入口收集。
樣品運送到 DCLS 進行濃度、萃取和滴滴數字聚合酶鏈反應 (ddPCR) 分析。在15年 11 月2021日當週之前，提取的樣本被運送至漢普頓路衛生區 (HRSD) 的 NELAP 認證實驗室，透過 ddPCR 進行 SARS- COV 2分析。 本報告中顯示的基因目標是 ddCoV_N，是用於 ddPCR 廢水分析的 N 2 基因的修改版本[1]。 在無模板控件（NTC）中觀察到放大的量化結果將從分析中刪除。目前版本的實驗室協議的檢測限制 (v 2.0) 是 6、200 複本/L 廢水。所有低於檢測極限的濃度都會指定一個等於檢測極限的一半的值。
| 實驗室協議版本 | 偵測限制 (LOD) | 實驗室職責 |
| 第一章 2。0 | 6,200 | 濃度、萃取和 ddPCR 分析： DCLS |
| 第一章 1。0 | 1,350 | 濃度和萃取： DCLS
滴數字聚合酶鏈反應（ddPCR）分析： HRSD |
病毒載量根據方程 1 計算：
(1) 病毒載量（副本/天）= 病毒結構。(複本/公升) * 流量 (美元) ∗ (3785411.8左右)/(1 美國美國醫療保險)
按病毒載量按照每個站點計算百分位數，然後分成五分數（即 0-19。9 星期，20-39。9 星期，40-59。9 星期，60-79。9 星期，第 80-第 100)。網站特定的百分位數提供了一個指標，用於將當前週的數據與網站的歷史數據進行比較，這可以顯示每個站點的最高與最低負載的時間進行顏色視覺化。
參考文獻
[1] 岡薩雷斯，R.，拉森，A.，湯普森，H.，卡特，E.，& 卡西，XF（2021）。重新設計 SARS- COV 2臨床 RT-qPCR 檢測廢水 RT-ddPCR。 https://doi.org/10。1101/2021。03.02.21252754